在0626年的大豪雨來襲下，臺南市政府迅速啟動災害應變機制。民政局積極指揮37區公所加強對災情的監控、防災物資的準備以及弱勢群體的疏散撤離行動。此外，也與國軍緊密協調，投入兵力進行地方防災及災後復原任務。截至6月26日，仁德區、關廟區及東區等三區申請了國軍支援，並分配了59名士兵和4輛中型戰術輪車以及1輛輕型偵搜車。接著，在6月27日，龍崎區、東區、南化區及仁德區等四區再次申請支援，投入84名士兵，並配置了1輛小貨卡、3輛輕型戰術輪車和4輛中型戰術輪車。

市長黃偉哲強調，臺南市府團隊會與各區公所、相關局處及國軍保持密切聯繫，以便滾動掌握災情變化，加速災後復原工作。他還提醒民眾要留意天候資訊及市政府的防災訊息，共同提升防災韌性，並保護臺南市民的生命財產安全。

民政局代理局長姜淋煌表示，市府已經對防災資源做好充分的準備，全市37區公所已完成了約23萬個砂包和4,197個防水擋板的整備。各區公所也設置了單一領取窗口，並公告了資訊，方便民眾即時申請使用。

針對土石流及水災危險潛勢地區的保全戶，民政局已經完成資料彙整掌握。截至6月26日17時30分，本市已完成了3區5里共24人的疏散撤離，其中23人依親安置、原1人公所收容(現已全數返家)。